En Méditerranée, le mouillage forain, dont l’impact écologique est largement documenté dans la littérature, contribue à la régression de l’herbier de Posidonie via l’arrachage de faisceaux et de blocs de matte par les ancres.
Pour autant, les AMP sont aussi des lieux d'accueil du public et de diffusion de connaissances sur les milieux.
Les gestionnaires doivent trouver le bon compromis entre deux enjeux principaux : la protection de l’environnement et l’accueil du public. Cela nécessite d’être équitable vis-à-vis de toutes les activités et de tous les usagers tout en limitant les dégradations de l’environnement. Les solutions adoptées combinent donc des moyens réglementaires et des moyens de régulation, via des outils technologiques, incitatifs et informatifs.
S’il ne s’agit pas d’interdire totalement le mouillage forain ou de permettre aux navires de s’ancrer librement, encadrer le mouillage semble être une réponse courante.
Une des solutions fréquemment adoptée est d'aménager des "zones de mouillages et d'équipements légers" (ZMEL) pour combiner plus-value écologique et accueil du public.
Mais l’analyse a aussi montré que des mesures de gestion différentes, complémentaires ou non du recours aux zones de mouillage organisé, étaient présentes au sein des 23 AMP étudiées :
- estimer la capacité de charge dans les zones les plus fréquentées pour déterminer un nombre optimal de bateaux admis au mouillage.
- hiérarchiser les enjeux très finement par site, pour déterminer les choix d'action (aménagement de ZMEL, préservation des habitats ou encadrement du mouillage forain)
- encadrer la durée du mouillage des navires ou le nombre de bateaux en simultané, dans les zones où les habitats peuvent supporter le mouillage mais doivent être protégés.
- instaurer une taxe de mouillage et/ou un système de réservation pour réguler la fréquentation
- subordonner le mouillage à l'adoption de matériaux et équipements éco responsables.
Chaque modalité de gestion, chaque mesure, possède ses avantages, ses inconvénients et ses conséquences en termes de reports de fréquentation. En fonction de l’évolution de la fréquentation, les mesures doivent s’adapter au fur et à mesure afin de répondre au mieux aux enjeux du territoire.
Dans cette optique, les gestionnaires travaillent aussi à l'éducation des usagers via divers supports d’information et à l'incitation à adopter des gestes respectueux de l’environnement.